Diría que su segunda opción está cerca, solo algunos puntos:
El cliente, el distribuidor y el proveedor son TIPOS de organizaciones, por lo que sugeriría:
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Tabla [Organización] que tiene todas las columnas comunes a todas las organizaciones y una clave principal para la fila.
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Separe las tablas [Proveedor], [Cliente], [Distribuidor] con columnas específicas para cada uno y FK a la fila PK de [Organización].
Suena como una "relación supertipo/subtipo".
