Use Esperas y colas metodología para investigar el cuello de botella del rendimiento. Encontrará la causa raíz y luego podemos aconsejarle en consecuencia. Lo más probable es que su aplicación C# tenga concurrencia debido a bloqueos, muy probablemente retenidos por la propia aplicación. Por lo general, uno culpa a los cambios de plan debido a la detección de parámetros, como en Lento en la aplicación, rápido en SSMS , pero con sentencias DDL esto es poco probable.