Sugeriría un índice filtrado, como WHERE column IS NOT NULL; - esto le permitirá crear un índice que solo se molesta en indexar los valores que no son NULL e ignora todas las filas sin valor. Probablemente querrá asegurarse de que el índice cubra las consultas que desea ejecutar con este tipo de predicado, de modo que no tenga que volver a la tabla completa para buscar las otras columnas que la consulta necesita generar (o usar en una combinación, o filtrar de otro modo, etc.).
