Si lee el artículo aquí:https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-rendimiento-en-la-misma-máquina-física-y-servidor se dará cuenta de que no tendrá una penalización de rendimiento porque el optimizador de consultas será solo uno. La diferencia será solo si utilizará consultas entre instancias. En este caso, la consulta será analizada por analizadores de consultas separados en ambas instancias.
Los posibles problemas que pueden surgir en su caso están relacionados con la administración. Lea cómo administrar la propiedad de bases de datos cruzadas aquí:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx
