Otra opción es agregar algo como esto a los parámetros de VM de la clase principal del proyecto:
-Djava.library.path="C:\Program Files\Microsoft JDBC Driver 4.0 for SQL Server\sqljdbc_4.0\enu\auth\x64"
(especificando la ruta al archivo sqljdbc_auth.dll). No hay necesidad de cambiar los parámetros PATH del entorno o Eclipse IDE jvm.
Para la clase principal del proyecto, seleccione la opción de menú Run As >> Run Configurations... 
