Error:la transacción asociada con la conexión actual se completó pero no se eliminó

Esto puede suceder cuando se agota el tiempo de espera de la transacción. Puede aumentar el tiempo de espera para su transacción de esta manera (use valores apropiados para la duración esperada de su transacción). El siguiente código es para 15 minutos:

using (TransactionScope scope = 
             new TransactionScope(TransactionScopeOption.Required, 
                                   new System.TimeSpan(0, 15, 0)))
  {
      // working code here
  }

Por eso podría haber funcionado para el tamaño de lote 500 y no para el 1000.