Sí, por supuesto que puedes hacer esto. Además, no hay nada especial para "guiarlo" durante la instalación, solo instálelos.
El único punto que debe tener en cuenta:si tiene varias versiones de SQL Server instaladas, deben tener un nombre de instancia separado (que elige en el momento de la instalación).
De forma predeterminada, un SQL Server "normal" se instala como una "instancia predeterminada" sin un nombre de instancia explícito. SQL Server Express por defecto usa el SQLEXPRESS nombre de instancia.
Básicamente:sí, es totalmente posible, ¡simplemente elija nombres de instancia separados para ambas instalaciones!
