Cambie el mapa de esquema de la base de datos de Entity Framework después de usar el código primero

EF utilizará dbo esquema si no configuró el esquema explícitamente a través de anotaciones de datos o API fluida.

[Table("MyTable", "MySchema")]
public class MyEntity
{

}

O

modelBuidler.Entity<MyEntity>().ToTable("MyTable", "MySchema");