El comando DELETE es demasiado lento en una tabla con índice agrupado

Puede ser lento porque una eliminación grande genera un registro de transacciones grande. Intenta eliminarlo en partes, como:

WHILE 1 = 1
BEGIN
    DELETE TOP (256) FROM FTPLog WHERE FTPLogId <= @MaxFTPLogId
    IF @@ROWCOUNT = 0
        BREAK
END

Esto genera transacciones más pequeñas. Y mitiga los problemas de bloqueo al crear un respiro para otros procesos.

También puede buscar en tablas particionadas . Estos potencialmente le permiten purgar las entradas antiguas eliminando una partición completa.