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es nulo vs es nulo

where isnull(name,'') <> ''

es equivalente a

where name is not null and name <> '' 

que a su vez es equivalente a

where name <> ''

(si el nombre IS NULL esa expresión final se evaluaría como desconocida y la fila no se devolvería)

El uso del ISNULL patrón resultará en un escaneo y es menos eficiente como se puede ver en la siguiente prueba.

SELECT ca.[name],
       [number],
       [type],
       [low],
       [high],
       [status]
INTO   TestTable
FROM   [master].[dbo].[spt_values]
       CROSS APPLY (SELECT [name]
                    UNION ALL
                    SELECT ''
                    UNION ALL
                    SELECT NULL) ca 


CREATE NONCLUSTERED INDEX IX_TestTable ON dbo.TestTable(name)

GO


SELECT name FROM TestTable WHERE isnull(name,'') <> ''

SELECT name FROM TestTable WHERE name is not null and name <> ''
/*Can be simplified to just WHERE name <> '' */

Lo que debería darle el plan de ejecución que necesita.