Para facilitar la lectura, reestructuré la consulta... comenzando con el nivel más alto aparente que es Table1, que luego se vincula a Table3, y luego table3 se vincula a table2. Mucho más fácil de seguir si sigues la cadena de relaciones.
Ahora para responder a tu pregunta. Está obteniendo un conteo grande como resultado de un producto cartesiano. Para cada registro en la Tabla 1 que coincida con la Tabla 3, tendrá X * Y. Luego, para cada coincidencia entre la Tabla 3 y la Tabla 2 tendrá el mismo impacto... Y * Z... Entonces, su resultado para una sola ID posible en la tabla 1 puede tener registros X * Y * Z.
Esto se basa en no saber cómo es la normalización o el contenido de sus tablas... si la clave es una clave PRIMARIA o no...
Ex:
Table 1
DiffKey Other Val
1 X
1 Y
1 Z
Table 3
DiffKey Key Key2 Tbl3 Other
1 2 6 V
1 2 6 X
1 2 6 Y
1 2 6 Z
Table 2
Key Key2 Other Val
2 6 a
2 6 b
2 6 c
2 6 d
2 6 e
Entonces, la unión de la Tabla 1 a la Tabla 3 dará como resultado (en este escenario) 12 registros (cada uno en 1 unido a cada uno en 3). Luego, todo eso de nuevo multiplicado por cada registro coincidente en la tabla 2 (5 registros)... se devolvería un total de 60 (3 tbl1 * 4 tbl3 * 5 tbl2).
Entonces, ahora, tome eso y amplíelo en función de sus miles de registros y verá cómo una estructura en mal estado podría asfixiar a una vaca (por así decirlo) y matar el rendimiento.
SELECT
COUNT(*)
FROM
Table1
INNER JOIN Table3
ON Table1.DifferentKey = Table3.DifferentKey
INNER JOIN Table2
ON Table3.Key =Table2.Key
AND Table3.Key2 = Table2.Key2
