SQL Server compara los resultados de dos consultas que deberían ser idénticas

puede usar la construcción excepto para hacer coincidir las dos consultas.

select * from (select * from query1) as query1
except
select * from (select * from query2) as query2

EDITAR:

Luego invierta la consulta para encontrar diferencias con la consulta 2 como controlador:

select * from (select * from query2) as query2
except
select * from (select * from query1) as query1