¿Cómo almaceno una cadena de más de 4000 caracteres en una base de datos Oracle usando Java/JDBC?

Tienes (al menos) dos opciones:

• usa connection.createClob() para crear un Clob , configure los datos en él y configúrelo en la declaración preparada. Esto funcionará para datos más pequeños

• use preparedStatement.setClob(position, reader) - aquí tendrás un Reader instancia.