Depende de las operaciones que se produzcan sobre la mesa.
Si hay muchos SELECT y muy pocos cambios, indexe todo lo que quiera... esto acelerará (potencialmente) las instrucciones SELECT.
Si la tabla se ve muy afectada por ACTUALIZACIONES, INSERCIONES + ELIMINACIONES... serán muy lentos con muchos índices, ya que todos deben modificarse cada vez que se lleva a cabo una de estas operaciones
Habiendo dicho eso, claramente puede agregar muchos índices sin sentido a una tabla que no hará nada. Agregar índices B-Tree a una columna con 2 valores distintos no tendrá sentido ya que no agrega nada en términos de buscar los datos. Cuanto más exclusivos sean los valores de una columna, más se beneficiará de un índice.
