¿Cuál es la diferencia entre la condición NOT y NOT () en Oracle y MS SQL Server?

La diferencia estará allí cuando tenga otra condición con AND/OR . Invierte el AND a OR y OR a AND

select 1 where not(1 = 1 or 1 <> 1 )

será igual que

select 1 where (1 <> 1 and 1 = 1 )

y

select 1 where not(1 = 1 and 1 <> 1 )

será igual que

select 1 where (1 <> 1 or 1 = 1 )

y

select 1 where not(1 = 1) or 1 = 1 

no será lo mismo que

select 1 where not(1 = 1 or 1 = 1 )