Creo que puede evitar el problema reemplazando el texto vacío con un valor temporal, actualizando el resto del texto y luego reemplazando el valor temporal con un valor nulo.
No entiendo XPath, probablemente haya una manera mucho mejor de hacer esto, pero parece funcionar:
SELECT
--#3: Replace the temporary value with null, this keeps the start and end tag
UpdateXML(
--#2: Replace everything but the temporary value
UpdateXML(
--#1: Replace empty text with a temporary value
UpdateXML(xmlData, '/TEST/VALUE[not(text())]', '<VALUE>TEMPORARY VALUE</VALUE>')
,'/TEST/VALUE[text()!="TEMPORARY VALUE"]/text()', 'hello')
,'/TEST/VALUE[text()="TEMPORARY VALUE"]/text()', null) examle
FROM (SELECT XMLType('<TEST><VALUE>hi</VALUE><VALUE>hola</VALUE><VALUE></VALUE></TEST>') as xmlData FROM DUAL);