La reparación de Flyway no reparará su base de datos por usted (ver documentos aquí ). Lo que hace es reparar la tabla del historial del esquema a un estado válido. La reparación de la base de datos se deja en manos del usuario (ya que no es una tarea trivial).
En esta situación, puede intentar enviar un commit;
. Esto debería permitirle ejecutar la reparación y luego migrar nuevamente. Ver:https://dbaclass.com/article/ora-12838-cannot-readmodify-object-modifying-parallel/