Elimine registros de la tabla de origen después de que se hayan transferido mediante un procedimiento almacenado a la tabla de destino

Después de hacer la inserción, puede agregar la declaración DELETE a continuación a su procedimiento.

DELETE FROM schema1.src_table src
      WHERE src.table_id IN (SELECT trg.table_id
                               FROM schema2.trg_table trg
                              WHERE trg.table_id = src.table_id);