Incluso en el Entity Framework 5 actualizado, no existe una buena solución para este problema. Si tiene las relaciones de clave externa adecuadas, debería poder acceder a sus tableros o unidades como:
Unit.UnitBoards.Boards
o
Board.UnitBoards.Units
pero no tendrá propiedades de navegación directa (navegaciones de muchos a muchos) si la tabla de muchos a muchos tiene sus propias propiedades fuera de la clave compuesta.
Al filtrar puedes incluirlos usando Include y Select para reducir las llamadas de base de datos.
var myBoards = From Context.Boards
.Include(i => i.UnitBoards)
.Include(i => i.UnitBoards.Select(is => is.Unit))
.Where(...)
