No puede usar un parámetro en una consulta como esa. Sin entrar en la lógica detrás de esto, su mejor opción es concatenar la cadena de consulta antes de crear una consulta
String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);
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En cuanto a NamedQueries, se compilan cuando se inicia la aplicación, por lo que no creo que haya una forma de cambiar la entidad de destino (tabla) en tiempo de ejecución.
