Actualice la declaración usando vb.net para actualizar todos los campos

Las variables de enlace en ti UPDATE La declaración debe ir precedida de dos puntos, no de @ símbolo

    cmd.CommandText = "update tablenodes set nodeName=:NodeName, centerX = :NodeCenterX," & _
       "centerY=  :NodeCenterY , radius=  :NodeRadius where nodeNo= :nodeNum and fileno= :FileNum"

Y no habría prefijo en lo que estás configurando los parámetros

    cmd.Parameters.Add("NodeNum", OracleDbType.Int32).Value = nd.pID
    cmd.Parameters.Add("NodeName", OracleDbType.Varchar2).Value = nd.pName
    cmd.Parameters.Add("NodeCenterX", OracleDbType.Int32).Value = nd.pCenter.X
    cmd.Parameters.Add("NodeCenterY", OracleDbType.Int32).Value = nd.pCenter.Y
    cmd.Parameters.Add("NodeRadius", OracleDbType.Double).Value = nd.pRadius
    cmd.Parameters.Add("FileNum", OracleDbType.Int32).Value = FN