Dividir una cadena separada por comas en Oracle no funciona

El problema en su consulta es que la cláusula where se aplicará solo al nivel 1 y no más.

Prueba esto usando una tabla anidada:

WITH xtable AS (
         SELECT 1 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161,47222' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 2 ID, '456,789' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 3 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161' AGT FROM DUAL
     )      
  select regexp_substr(x.AGT,'[^,]+', 1, t.column_value) agt
  from xtable x cross join table(
    cast(
      multiset(
        select level
        from dual
        connect by level <= regexp_count(x.AGT,',') + 1
      )as sys.odcinumberlist
    )
  ) t
  where x.id = 3;

Es una consulta de propósito general que puede usar incluso sin la cláusula where si desea convertirlos todos a la vez.

En Oracle 12c+, puede usar OUTER APPLY para lograr el mismo efecto y una sintaxis más simple:

WITH xtable AS (
         SELECT 1 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161,47222' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 2 ID, '456,789' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 3 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161' AGT FROM DUAL
     )      
  select regexp_substr(x.AGT,'[^,]+', 1, t.n) agt
  from xtable x
  outer apply (
        select level n
        from dual
        connect by level <= regexp_count(x.AGT,',') + 1
  ) t
  where x.id = 3;