Ha instalado un JRE y no un JDK.
Para compilar el código nativo de JNI, debe instalar un JDK, que viene con el encabezado jni.h adecuado, así como los encabezados específicos del sistema operativo.
Cuando lo haga, actualice su ruta de inclusión a
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux
