Para esta consulta:
Select *
from A join
B
on A.id1 = B.id1 and A.id2 = B.id2
where A.year = 2016 and B.year = 2016;
Sugeriría índices en A(year, id1, id2)
y B(id1, id2, year)
.
También puede escribir la consulta como:
Select *
from A join
B
on A.id1 = B.id1 and A.id2 = B.id2 and A.year = B.year
where A.year = 2016;
La respuesta a su pregunta es "sí" e indexe en B
es lo correcto. En esta versión, el orden de las columnas en el índice realmente no importa.