MySQL cómo llenar las fechas que faltan en el rango?

MySQL no tiene funcionalidad recursiva, por lo que te queda usar el truco de la tabla NUMBERS -

1. Cree una tabla que solo contenga números incrementales, fácil de hacer usando un auto_incremento:

   DROP TABLE IF EXISTS `example`.`numbers`;
   CREATE TABLE  `example`.`numbers` (
     `id` int(10) unsigned NOT NULL auto_increment,
      PRIMARY KEY  (`id`)
   ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1;
   

2. Complete la tabla usando:

   INSERT INTO `example`.`numbers`
     ( `id` )
   VALUES
     ( NULL )
   

   ...para tantos valores como necesites.

3. Use DATE_ADD para construir una lista de fechas, aumentando los días según el valor de NUMBERS.id. Reemplace "2010-06-06" y "2010-06-14" con sus respectivas fechas de inicio y finalización (pero use el mismo formato, AAAA-MM-DD) -

   SELECT `x`.*
     FROM (SELECT DATE_ADD('2010-06-06', INTERVAL `n`.`id` - 1 DAY)
             FROM `numbers` `n`
            WHERE DATE_ADD('2010-06-06', INTERVAL `n`.`id` -1 DAY) <= '2010-06-14' ) x
   

4. LEFT JOIN en su tabla de datos según la porción de tiempo:

      SELECT `x`.`ts` AS `timestamp`,
             COALESCE(`y`.`score`, 0) AS `cnt`
        FROM (SELECT DATE_FORMAT(DATE_ADD('2010-06-06', INTERVAL `n`.`id` - 1 DAY), '%m/%d/%Y') AS `ts`
                FROM `numbers` `n`
               WHERE DATE_ADD('2010-06-06', INTERVAL `n`.`id` - 1 DAY) <= '2010-06-14') x
   LEFT JOIN TABLE `y` ON STR_TO_DATE(`y`.`date`, '%d.%m.%Y') = `x`.`ts`
   

Si desea mantener el formato de fecha, use Función DATE_FORMAT :

DATE_FORMAT(`x`.`ts`, '%d.%m.%Y') AS `timestamp`