Tuve un problema similar y lo resolví revisando los subprocesos que se están ejecutando. Para ver los subprocesos en ejecución, use el siguiente comando en la interfaz de línea de comandos de mysql:
SHOW PROCESSLIST;
También se puede enviar desde phpMyAdmin si no tiene acceso a la interfaz de línea de comandos de mysql.
Esto mostrará una lista de subprocesos con los identificadores correspondientes y el tiempo de ejecución, para que pueda ELIMINAR los subprocesos que están tomando demasiado tiempo para ejecutar. En phpMyAdmin, tendrá un botón para detener hilos usando KILL, si está usando la interfaz de línea de comandos, simplemente use el comando KILL seguido de la identificación del hilo, como en el siguiente ejemplo:
KILL 115;
Esto terminará la conexión para el subproceso correspondiente.
