¿Cuándo usar MyISAM e InnoDB?

MiISAM:

El MyISAM motor de almacenamiento en MySQL.

Más simple de diseñar y crear, por lo tanto, mejor para principiantes. No se preocupe por las relaciones exteriores entre tablas.
Más rápido que InnoDB en general como resultado de la estructura más simple, por lo tanto, mucho menos costos de recursos del servidor. -- Mayormente ya no es cierto.
Indización de texto completo. -- InnoDB lo tiene ahora
Especialmente bueno para tablas de lectura intensiva (seleccionadas). -- Mayormente ya no es cierto.
La huella del disco es 2x-3x menor que la de InnoDB. -- A partir de la versión 5.7, esta es quizás la única ventaja real de MyISAM.

InnoDB:

El InnoDB motor de almacenamiento en MySQL.

Soporte para transacciones (brindándole soporte para ACID propiedad).
Bloqueo a nivel de fila. Tener un mecanismo de bloqueo más detallado le brinda una mayor concurrencia en comparación con, por ejemplo, MyISAM .
Restricciones de clave externa. Permitiéndole dejar que la base de datos asegure la integridad del estado de la base de datos y las relaciones entre las tablas.
InnoDB es más resistente a la corrupción de tablas que MyISAM.
Compatibilidad con grandes grupos de búferes para datos e índices. El búfer de clave MyISAM es solo para índices.
MyISAM está estancado; todas las mejoras futuras estarán en InnoDB. Esto quedó muy claro con el lanzamiento de la Versión 8.0.

Limitaciones de MyISAM:

Sin claves foráneas y eliminaciones/actualizaciones en cascada
Sin integridad transaccional (conformidad con ACID)
Sin habilidades de reversión
4,284,867,296 límite de filas (2^32) -- Este es el predeterminado antiguo . El límite configurable (para muchas versiones) ha sido de 2**56 bytes.
Máximo de 64 índices por tabla

Limitaciones de InnoDB:

Sin indexación de texto completo (versión inferior a 5.6 mysql)
No se puede comprimir para rápido, solo lectura (5.5.14 introdujo ROW_FORMAT=COMPRESSED )
No puede reparar una tabla InnoDB

Para una breve comprensión, lea los siguientes enlaces: