Sin un índice, mantener una columna de incremento automático se vuelve demasiado costoso, por eso MySQL requiere que una columna de incremento automático sea la parte más a la izquierda de un índice.
Debe eliminar la propiedad de incremento automático antes de soltar la clave:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL;
ALTER TABLE user_customer_permission DROP PRIMARY KEY;
Tenga en cuenta que tiene una PRIMARY KEY compuesta que cubre las tres columnas y id no se garantiza que sea único.
Si resulta ser único, puede convertirlo en una PRIMARY KEY y AUTO_INCREMENT de nuevo:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT;