Me enfrenté a una situación similar en la que InnoDB se deshabilitó después de una actualización del servidor mysql. La consulta "mostrar motores " no mostraba Innodb . Siguiendo este enlace me solucionó el problema.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart
