MySQL y PHP:inserte NULL en lugar de una cadena vacía

Para pasar un NULL a MySQL, simplemente haga eso.

INSERT INTO table (field,field2) VALUES (NULL,3)

Entonces, en su código, marque if $intLat, $intLng están empty , si lo son, use NULL en lugar de '$intLat' o '$intLng' .

$intLat = !empty($intLat) ? "'$intLat'" : "NULL";
$intLng = !empty($intLng) ? "'$intLng'" : "NULL";

$query = "INSERT INTO data (notes, id, filesUploaded, lat, lng, intLat, intLng)
          VALUES ('$notes', '$id', TRIM('$imageUploaded'), '$lat', '$long', 
                  $intLat, $intLng)";