Estoy enfrentando el mismo problema que tú, el problema solo ocurre cuando uso Opera o Chrome.
Para mi caso, tengo un .htaccess para apuntar todo al archivo de índice. Naturalmente, el navegador solicitará el script dos veces, una para el propio script y la otra para el favicon.
La solución: Intenta editar el .htaccess para evitar la redirección al archivo de índice cuando el navegador solicita favicon.ico
