¿MySQL Foreign_key_checks afecta a toda la base de datos?

Se basa en la sesión, cuando se establece de la forma en que lo hizo en su pregunta.

https://dev.mysql.com/doc /refman/5.7/es/variables-del-sistema-del-servidor.html

Según esto, FOREIGN_KEY_CHECKS es "Ambos" para el alcance. Esto significa que se puede configurar para la sesión:

SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;

o globalmente:

SET GLOBAL FOREIGN_KEY_CHECKS=0;