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Advertencia:mysql_num_rows() espera que el parámetro 1 sea un recurso, booleano dado

Eso es porque mysql_query a veces devuelve boolean false (error de consulta). Tienes que comprobarlo:

$amn = mysql_query("SELECT * FROM `Messages` WHERE to_user='$usr' AND read='0'");

if($amn === false) {
    var_dump(mysql_error());
}
else {
    print_r(mysql_num_rows($amn));
}

El código anterior está escrito con mal estilo y está obsoleto. Use PDO con Excepciones en proyectos reales.