Entity Framework (versión 6.1.3) y MySQL Server (>=5.7.6)
Una forma de resolver el problema es,
1. Open Services (services.msc) and restart MySQL57 service.
2. Execute the following commands in MySQL.
use <<database name>>;
set global optimizer_switch='derived_merge=OFF';
3. Update the .edmx.
Es una respuesta tardía. Pero espero que ayude a alguien.
Gracias.