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Crear tabla con PHP y completar desde MySQL

Aquí tienes un ejemplo completo de lo que estás buscando:

  1. extrae algunos datos de mysql usando php
  2. poner esos datos en una tabla html
  3. aplica filas de colores alternos a la tabla

Para el estilo, hago un poco de trampa y uso jquery, que encuentro un poco más fácil que lo que estás tratando de hacer.

Además, recuerde que $fila[campo] distingue entre mayúsculas y minúsculas. Entonces $fila[id] !=$fila[ID].

Espero que esto ayude:

<html>
    <head>
        <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
        <script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.2/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
        <style type="text/css">
            tr.header
            {
                font-weight:bold;
            }
            tr.alt
            {
                background-color: #777777;
            }
        </style>
        <script type="text/javascript">
            $(document).ready(function(){
               $('.striped tr:even').addClass('alt');
            });
        </script>
        <title></title>
    </head>
    <body>
        <?php

            $server = mysql_connect("localhost","root", "");
            $db =  mysql_select_db("MyDatabase",$server);
            $query = mysql_query("select * from employees");
        ?>
        <table class="striped">
            <tr class="header">
                <td>Id</td>
                <td>Name</td>
                <td>Title</td>
            </tr>
            <?php
               while ($row = mysql_fetch_array($query)) {
                   echo "<tr>";
                   echo "<td>".$row[ID]."</td>";
                   echo "<td>".$row[Name]."</td>";
                   echo "<td>".$row[Title]."</td>";
                   echo "</tr>";
               }

            ?>
        </table>
    </body>
</html>

Aquí está el código de la tabla que solo usa PHP para alternar los estilos como está tratando de hacer en su ejemplo:

    <table class="striped">
        <tr class="header">
            <td>Id</td>
            <td>Title</td>
            <td>Date</td>
        </tr>
        <?php
           $i = 0;
           while ($row = mysql_fetch_array($query)) {
               $class = ($i == 0) ? "" : "alt";
               echo "<tr class=\"".$class."\">";
               echo "<td>".$row[ID]."</td>";
               echo "<td>".$row[Name]."</td>";
               echo "<td>".$row[Title]."</td>";
               echo "</tr>";
               $i = ($i==0) ? 1:0;
           }

        ?>
    </table>