Debería crear una reescritura de mod que tomara el primer directorio y lo pasara como un parámetro $_GET.
Prueba esto:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^(.*)/$ index.php?user=$1
Eso debería reescribir cualquier cosa después de '/' como index.php?user=directory
