Puede compensar el campo de incremento automático de una tabla con respecto a la otra, es decir, una tabla comienza con los ID desde 1 mientras que la otra comienza desde 1000000 (o algún otro valor elegido según su patrón de uso).
CREATE TABLE table1 (id BIGINT UNSIGNED AUTO_INCREMENT);
CREATE TABLE table2 (id BIGINT UNSIGNED AUTO_INCREMENT) AUTO_INCREMENT = 1000000;
También puede elegir su tipo de columna de incremento automático según sus necesidades. El rango de BIGINT UNSIGNED es 0..18446744073709551615, que debería cubrir la mayoría de los casos.
O
prueba
SET @@auto_increment_increment=2;
SET @@auto_increment_offset=2;
