Eso significa que tiene al menos una fila en la tabla secundaria que hace referencia a una fila inexistente en la tabla principal.
Si está absolutamente seguro de que está de acuerdo con tener un problema de integridad de datos como ese, puede agregar la clave externa deshabilitando las comprobaciones de claves externas antes de ejecutar ALTER TABLE comando:
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
