¿Cómo convertir la hora de MySQL a la marca de tiempo de UNIX usando PHP?

Use strtotime(..) :

$timestamp = strtotime($mysqltime);
echo date("Y-m-d H:i:s", $timestamp);

También mira esto (para hacerlo en MySQL).

http://dev .mysql.com/doc/refman/5.5/en/date-and-time-functions.html#function_unix-timestamp