Actualización del valor AUTO_INCREMENT de todas las tablas en una base de datos MySQL

Usando:

ALTER TABLE some_table AUTO_INCREMENT = 0

... restablecerá el valor de auto_incremento para que sea el siguiente valor basado en el valor más alto existente en la columna de auto_incremento.

Para ejecutar esto en todas las tablas, deberá usar La sintaxis SQL dinámica de MySQL llamada PreparedStatements porque no puede proporcionar el nombre de la tabla para una instrucción ALTER TABLE como variable. Tendrá que recorrer la salida de:

SELECT t.table_name
  FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES t
 WHERE t.table_schema = 'your_database_name'

...ejecutando la instrucción ALTER TABLE anterior para cada tabla.