MySQL es inteligente en el sentido de que si especifica un LIMIT 5000 en su consulta, y es posible producir ese resultado sin generar primero el conjunto de resultados completo, entonces no generará el resultado completo.
Por ejemplo, la siguiente consulta:
SELECT * FROM table ORDER BY column LIMIT 5000
Esta consulta deberá escanear toda la table a menos que haya un índice en column , en cuyo caso hace lo inteligente y usa el índice para encontrar las filas con la column más pequeña .