Estás reinventando la rueda. Consulte el mysqlimport herramienta, que viene con MySQL. Es una herramienta eficiente para importar archivos de datos CSV.
mysqlimport es una interfaz de línea de comandos para LOAD DATA LOCAL INFILE Sentencia SQL.
Cualquiera debería ejecutarse 10-20 veces más rápido que INSERTAR fila por fila.
