MySQL:grupo por dos columnas y suma

Según su tabla de ejemplo, parece que desea agrupar en product en lugar de id . Simplemente necesita agregar el Size columna tanto para SELECT lista y el GROUP BY

$query = "SELECT 
            product,
            Size, 
            SUM(Quantity) AS TotalQuantity 
          FROM inventory
          GROUP BY product, Size";

Tenga en cuenta que he agregado un alias de columna TotalQuantity , lo que le permitirá recuperar más fácilmente la columna de la fila recuperada a través de la $row['TotalQuantity'] más sensata , en lugar de $row['SUM(Quantity)']