No se puede hacer que la consulta de origen de MySQL funcione con el módulo mysqldb de Python

Como dijeron otros, no puedes usar el comando source en MySQLdb Python API

Entonces, en lugar de ejecutar eso, cargue el archivo y ejecútelo

Digamos que su archivo .sql tiene

create database test;

Lea el contenido como

sql=open("test.sql").read()

Y luego ejecutarlo

cursor.execute(sql);

Obtendrá una nueva "prueba" de la base de datos