También me encontré con el
problema usando el siguiente comando
mysqlcheck -u root -p --auto-repair -c -o --all-databases
Lo que hice, y es porque soy perezoso lol, fue ejecutar todo por separado y usé el -r para reparación en lugar de --auto-repair
mysqlcheck -u root -p -r --all-databases
mysqlcheck -u root -p -c --all-databases
mysqlcheck -u root -p -o --all-databases
