Creo que @Jason Creighton y @S.Lott tienen razón.
Al menos si la tabla que está actualizando está en un motor de almacenamiento transaccional. InnoDB es transaccional, ISAM no lo es.
Tienes que llamar a commit() en su objeto de conexión antes de cerrarlo, o debe establecer la conexión en modo de confirmación automática. No estoy seguro de cómo haces eso para una conexión MySQLdb, supongo que estableces un argumento para el constructor de la conexión o estableces una propiedad después de crear el objeto de conexión.
Algo como:
conn = mysql.connection(host, port, autocommit=True)
# or
conn = mysql.connection(host, port)
conn.autocommit(True)
