PHP:menú desplegable dinámico con optgroup

Los dos bucles for no están anidados en su código:

foreach ($groups as $label => $opt) { ?>
    <optgroup label="<?php echo $label; ?>">
<?php   } <-- wrong here
    foreach ($groups[$label] as $id => $name) { ?>
        <option value="<?php echo $id; ?>"><?php echo $name; ?></option>
<?php } ?>

El resultado es que primero se crean todos los grupos de opciones y luego se agregan los empleados del último grupo (porque $label y $opt también están disponibles una vez finalizado el bucle).

Debe anidar los bucles (usando una sintaxis alternativa para el control estructuras ):

<?php foreach($groups as $label => $opt): ?>
    <optgroup label="<?php echo $label; ?>">
    <?php foreach ($opt as $id => $name): ?>
        <option value="<?php echo $id; ?>"><?php echo $name; ?></option>
    <?php endforeach; ?>
    </optgroup>
<?php endforeach; ?>

Además, creo que tienes que usar el emp_id , no el grp_id al crear la matriz:

while ($qa = $employees->GetRows()) {
    $groups[$qa['groupname']][$qa['emp_id']] = $qa['empname'];
}