Llenar los vacíos en las fechas devueltas de la base de datos:¿es posible una solución SQL pura?

Sí, es mejor crear una tabla de Números (columna única N) que no contenga nada más que los números del 0 al 999. Se puede usar para muchas cosas, entre ellas una consulta como la siguiente:

SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(adddate($start_date, interval N day), '%d %M %Y') as point 
FROM Numbers
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= adddate($start_date, interval N day)
    and t.click_date < adddate($start_date, interval (N+1) day)
WHERE N between 0 and datediff($start_date, $end_date)
GROUP BY N

Estás usando el formato incorrecto. Es W en MAYÚSCULAS y no en minúsculas para el día de la semana, por lo que '%W %M %Y' o '%d %M %Y' para el día del mes.http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/date-and-time-functions.html#function_date-format

Está utilizando GROUP BY DAY(FROM_UNIXTIME(click_date)) nota "día" no es un día laborable, pero está mostrando (o intentando) "%W" (día laborable):elige uno, no los mezcles.

Nota:N1, N2 y N3 a continuación se combinan para dar un rango posible de 0-999

SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(adddate($start_date, interval N day), '%d %M %Y') as point 
FROM (
    select N1 * 100 + N2 * 10 + N3 as N
    from (
    select 0 N1 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N1
    cross join (
    select 0 N2 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N2
    cross join (
    select 0 N3 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N3
    ) Numbers
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= adddate($start_date, interval N day)
    and t.click_date < adddate($start_date, interval (N+1) day)
WHERE N between 0 and datediff($start_date, $end_date)
GROUP BY N

EDICIÓN #2: Una tabla de fechas recta

Ponga esto en una nueva ventana en phpMyAdmin o ejecútelo como un lote. Crea una tabla llamada Fechas, con cada fecha desde el día 1900-01-01 (o cambio en el script) a 2300-01-01 (o cambio).

DROP PROCEDURE IF EXISTS FillDateTable;

delimiter //
CREATE PROCEDURE FillDateTable()
    LANGUAGE SQL
    NOT DETERMINISTIC
    CONTAINS SQL
    SQL SECURITY DEFINER
    COMMENT ''
BEGIN
  drop table if exists datetable;
  create table datetable (thedate datetime primary key, isweekday smallint);

  SET @x := date('1900-01-01');
  REPEAT 
    insert into datetable (thedate, isweekday) SELECT @x, case when dayofweek(@x) in (1,7) then 0 else 1 end;
    SET @x := date_add(@x, interval 1 day);
    UNTIL @x > date('2300-01-01') END REPEAT;
END//
delimiter ;

CALL FillDateTable;

Con una tabla de utilidades de este tipo, su consulta puede ser simplemente

SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(thedate, '%d %M %Y') as point 
FROM Dates
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= thedate
    and t.click_date < adddate(thedate, interval 1 day)
WHERE thedate between $start_date and $end_date
GROUP BY thedate