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Agregar clave externa a la tabla existente da el error 1050, la tabla ya existe

Recibí el mismo error y se debió al hecho de que la clave externa ya existía. Lo que quieres es simplemente agregar la restricción:

ALTER TABLE Registration 
  ADD CONSTRAINT idx_Registration_CustomizationSet 
  FOREIGN KEY (customization_set_guid) 
  REFERENCES CustomizationSet(customization_set_guid);