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¿El índice en Varchar hace una diferencia de rendimiento?

No, no lo hace.
Si el optimizador decide usar el índice, la consulta se ejecutará más rápido. INSERT s/UPDATE s/DELETE s en esa mesa será más lento, pero no lo suficientemente probable como para notarlo.

Tenga en cuenta que usar:

LIKE '%whatever%'

... no usar un índice, pero lo siguiente:

LIKE 'whatever%'

La clave es un comodín en el lado izquierdo de la cadena, lo que significa que no se puede usar un índice en la columna.

También sepa que MySQL limita la cantidad de espacio reservado para los índices - pueden tener hasta 1000 bytes de longitud para tablas MyISAM (767 bytes para InnoDB).